一、历史沿革
1933年 南京市立传染病医院建院（由宋美龄基金会创建）
1993年 南京市钟阜医院挂牌“南京市肿瘤防治院”
1996年 由南京市传染病医院和南京市钟阜医院合并为南京市第二医院
成为“南京铁道医学院附属南京第二医院”
1997年 挂牌“南京市老年病医院”
成为三级传染病医院
2000年 成为“东南大学医学院附属南京第二医院”
2009年 成为三级甲等传染病医院
成为“东南大学附属第二医院”
2011年 挂牌“江苏省传染病医院”
2016年 挂牌“南京市公共卫生医疗中心”
市公卫医疗中心同时挂牌“南京市第二医院汤山分院”
2018年 成为“南京中医药大学附属南京医院”
二、参与突发公共卫生事件应急救治
2003年，全力投入SARS救治，共救治病人16例，实现“双零”目标；
2007年，参与救治高致病性禽流感病人；
2009年，参与重症甲型H1N1流感的救治。共收治患者232例；
2013年，被定为H7N9禽流感江苏省定点收治医院。雅安地震中不畏艰险，奔赴灾区领导卫生防疫工作，实现大灾之后无大疫；
2014年，作为青奥会重大传染病救治定点医院，共收治3名埃博拉留观病例，分别为两位来自尼日利亚的留学生和一位西非归来的中国务工人员；
2015年，选派32人参加中国（江苏）援塞抗疫医疗队，赴塞拉利昂圆满完成为期三个月的医疗援助任务，实现了“打胜仗、零感染”目标，共收治80例埃博拉留观患者，确诊埃博拉患者5人，治愈出院4人，治愈好转率达80%。
医院先后荣获卫生部“全国抗非先进集体”、中组部“全国抗非先进党组织”、全国抗“非典”工作先进基层党组织、国家卫生计生委“人感染H7N9禽流感疫情防治工作中表现突出单位”、“国家埃博拉出血热疫情防控先进集体”等荣誉称号。
三、医院发展现状
医院现分为钟阜本部和汤山分院两个院区，一院两地，统一管理。共有床位2100张，实际开放床位1300张。现有在职职工1341人，
其中卫技人员1175人，占87.1%；高级职称人员232人，博士26人，硕士研究生288人。有江苏省医学领军人才3人，省医学重点人才2人，省“333”工程人才12人，江苏省有突出贡献中青年专家和拔尖人才8人，江苏省“六大人才高峰7人；南京市有突出贡献中青年专家和拔尖人才6人。有南京大学、东南大学等高等院校博导、硕导共48人。
钟阜本部
发展综合学科，保障传染病人的综合救治水平和应对突发公共卫生事件的救治能力。开设有肝癌治疗中心、肝硬化治疗中心、胃肠疾病治疗中心、肝脏疾病科、肿瘤科、中西医结合科、消化科、心血管内科、肾内科及血液透析、血液内科、神经内科、肝胆外科、胸外科、胃肠外科、甲乳外科、泌尿外科、整形外科、创伤外科（骨科、脑外科）、妇产科、重症医学科、麻醉科、皮肤性病科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、急诊科、体检中心、放射科、介入科、放疗科、超声诊断科、检验科、输血科、病理科、药学部、临床药物研究室、临床科研中心等临床医技科室。门诊设有相应的专科及专家特色门诊。
肿瘤科、妇产科、普通外科、肝病专业为江苏省临床重点专科，中西医结合科为江苏省示范中医科，肝病科、检验科、医学影像科、重症医学科为南京市医学重点专科；妇产科学入选江苏省科教强卫工程医学创新团队；中心实验室为南京市医学重点实验室。
汤山分院
汤山分院（市公共卫生医疗中心）是江苏省传染病紧急医学救援
基地，艾滋病、结核病定点收治医疗单位。以消化道与呼吸道、接触性与非接触性等病种专科特色精细诊疗为主、综合诊疗为辅，设置床位900张，现开放床位400张。是集防治、救援、应急为一体的，全市重大公共卫生事件应急救治中心。
目前，汤山分院设有感染病科、结核科、传染性肝病科、综合内科、重症监护科、胰腺炎诊疗中心、一期临床研究中心和麻风休养员管理部。其中，感染性疾病科为国家临床重点专科，感染性疾病学为江苏省医学重点学科，传染科、结核科为江苏省临床重点专科，肠道及其他传染病科为南京市医学重点专科。
特色科室
l 感染病科：
国家临床重点专科
江苏省医学重点学科（感染病学科）
江苏省省级临床重点专科（传染科）
江苏省省级临床重点专科（肝病专业）
南京市医学重点专科（肝病科）
各种急、慢性感染性疾病的临床诊疗;宏基因组二代测序；免疫缺陷合并隐球菌性脑膜炎的治疗；免疫缺陷合并分支杆菌病的诊疗；艾滋病的防治咨询、初筛检测和抗病毒治疗;担负着江苏省各家传染病医院三级网络机构的业务指导和管理工作，医疗服务辐射全省乃至外省市。
l 肝病科：
国家临床重点专科（感染科）
江苏省省级临床重点专科（传染科）
江苏省省级临床重点专科（肝病专业）
江苏省病毒性肝炎诊疗中心
南京市临床重点专科
国家药物临床试验基地
全省规模较大、病种齐全、人才和技术优势明显的肝病诊治中心；有病毒性肝炎、不明原因肝病、小儿肝病、中西医结合肝病、肝硬化等亚专科；对肝炎、肝硬化、肝癌的鉴别诊断、有合并症、并发症的复杂难治性肝病，以及肝衰竭危重病例的诊疗及抢救积累了丰富的经验，确诊率高、救治成功率高；病毒性肝炎、肝衰竭等重大传染病救治；少见及疑难肝病诊治；终末期肝病诊治；小儿肝病的诊治；肝病中西医结合治疗；肝炎转化医学研究。
l 肝胆外科：江苏省省级临床重点专科
常规开展肝段、肝叶切除，半肝切除、扩大半肝切除；可开展精确性肝脏切除，离体肝脏切除，突破肝脏这一传统的“手术禁区”；开展肝门部胆管癌根治术、胰十二指肠切除术、胆囊根治术等；门脉高压消化道大出血治疗：断流和分流术、各类腔镜治疗技术。
l 妇产科：江苏省省级临床重点专科、江苏省科教强卫工程、医学创新团队
省内唯一的感染及肝病产科，是江苏省重危孕产妇救治指导中心；建立HBV感染孕妇及婴儿长期随诊系统；应用乙肝免疫球蛋白联
合乙肝疫苗母婴阻断，总体成功率96%；国际上首先使用替比夫定阻断HBV母婴传播，成功率100%；肝病高危产妇、妊娠期肝衰竭病例抢救成功率达90%，国内领先。
l 肿瘤科：江苏省省级临床重点专科
基因组学指导下的多种恶性肿瘤个体化治疗，常规实体瘤、妇科肿瘤放疗技术，肿瘤患者的肝脏保护治疗，TACE、微波消融、射频消融、无水酒精注射等治疗肝脏、肺部多种转移或原发肿瘤等微创治疗，腹腔热灌注化疗、胸腹部肿瘤的热疗，高强度超声聚焦刀治疗多种实体瘤、晚期肿瘤的关怀治疗等。
l 结核科：江苏省省级临床重点专科
熟练运用实验室手段及纤支镜检查、经皮穿刺肺活检等技术对疑似结核病人进行诊断；多学科综合性治疗：复治、难治、多重耐药性肺结核；熟练肺外结核的多学科诊断和治疗；重症结核病的抢救，咯血病人DSA支气管动脉栓塞术水平省内领先。
l 重症医学科：南京市医学重点专科
具有综合救治+急救应急能力；全国首家生物型人工肝临床应用；血液净化等技术国内领先；腹腔感染治疗围产期重症抢救；小泵调控液体平衡治疗重症心衰。
l 胰腺炎诊疗中心：柔性引进长江学者李维勤教授
床边放置鼻空肠管；肠外与肠内营养支持；腹腔脓肿微创引流术；黎氏双套管引流术；内镜下胰周坏死组织清除术、纤维蛋白胶封堵消化道瘘、消化道瘘OTSC吻合术等；全国规模较大的重症急性胰腺炎转诊诊疗康复病区，病人转诊自全国31个省、市、自治区的各级医院。
l 检验科：南京市医学重点专科
下设临床化学、临床免疫学、临床微生物学、临床常规检验、HIV初筛、分子基因诊断等实验室，以及主要用于传染病病原学检测的负压实验室。共开展各类传染病、肝胆疾病及其它综合性疾病相关医学检验项目约500余项。分子基因诊断实验室是卫生部临检中心验收合格的临床基因扩增检验实验室，是南京市唯一的地市级结核病专科实验室。
l 临床科研中心：南京市医学重点实验室（中心实验室）
可开展核酸、蛋白、病毒、细胞等水平的实验研究。生物生物样本库质量达标检查；样本库初步建成，投入使用。开展肿瘤生物治疗及相关研究。
医院是江苏省传染科医疗质量控制中心、江苏省传染病诊疗技术中心、江苏省中西医结合肝病研究中心、江苏省病毒性肝炎诊疗中心、江苏省重症疟疾诊疗中心、南京市消化病临床医学中心、南京地区市级胸痛救治中心建设单位、全国脂肪肝规范诊疗中心，并被批准为国家药物临床实验基地、全国肝胆病防治技术示范基地、全国妊娠乙肝防治示范基地、国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室建设单位、江苏省博士后创新实践基地、难治性疼痛规范化诊疗示范基地。
医院是江苏省医学会感染病学分会、江苏省医院协会传染病医院分会、江苏省中西医结合学会肝病分会、江苏省医院管理学会传染病医院管理分会、江苏省药学会感染药学分会、江苏省抗癌协会抗肿瘤药物分会、江苏省护理学会护理感染管理学组、南京医学会感染病专科分会、南京预防医学会“阳光医生”专业委员会、江苏省肿瘤防治联盟肝胆胰专委会主委单位，江苏肝健康联盟理事长单位。
医院担负着江苏省各家传染病医院三级网络机构的业务指导和管理工作，并积极开展援藏、援疆、援非工作，对新疆伊犁州伊宁市金陵阳光医院和青海省海南州贵南县第二人民医院进行对口帮扶。医联体建设工作稳步推进，大力开展南京市区域医联体建设，作为牵头单位在全省范围内开展传染病诊疗医联体项目。
近五年获科研成果37项，其中部级奖2项，省科学技术进步奖5项，省卫计委医学新技术引进奖17项，南京市科学技术进步奖5项。承担国家自然科学基金13项，传染病防治国家科技重大专项10项，省部级科研项目30项。编写专著40部，获专利证书31项。发表SCI论文176篇（最高影响因子59.558），中华系列期刊论文90余篇。
四、运营发展
传染病的归口收治；进一步做精、做强综合支撑学科；加大引进柔性人才力度，增强科室活力，进一步培养人才；对医养结合模式进行摸底，拟在汤山分院增开老年康复、肿瘤等病区；利用东南大学、南京中医药大学附属医院平台，做成具有传染病诊疗特色、中西医并重、综合能力强的医院；通过建设江苏省肝健康联盟，创新互联网+医院模式，建立分级诊疗机制和双向转诊，不断增强医院医疗服务核心竞争力和综合实力；争创国家级区域医疗中心，增强在区域内和全国的影响力；加强汤山分院综合、重症、急诊建设，为城东周边百姓提供更加全面、优质的医疗服务，增强自身造血功能。